버섯은 분류학적으로 생물군, 균계, 진핵균류, 담자균아부와 자낭균아부에 속한다고 합니다.
분류 초기에 버섯은 식물 중 뿌리와 줄기와 잎의 구별이 없기 때문에 하등식물인 엽상식물로 분류되었으나, '78년 버섯은 균계에 속하게 되었다고 합니다.
균계는 원핵균류(마이코플라스마, 세균, 방선균 등)와 진핵균류로 나누어지는데, 버섯은 진핵균류 중 담자균과 자낭균에 속하는 사물기생균, 활물기생균 또는 활물공생균이라고 합니다.
우리가 알고 있는 대부분의 버섯은 사물기생균, 즉 부생균에 속하는 고등균류인데, 이들은 엽록소가 없어 광합성을 할 수 없고, 따라서 스스로 양분을 축적하지 못하므로 죽어있는 특정 기주로부터 영양을 섭취하면서 생장하는 균이라고 합니다.
활물기생균에 속하는 동충하초와 활물공생균에 속하는 송이, 그리고 활물기생과 사물기생 둘 다 가능한 복령 등도 있다고 합니다.
참고로 석이는 분류학상 균류에 속하지 않고 지의류에 속하며, 전세계에 400속의 20,000종이 분포하는 것으로 알려져 있다고 합니다. 지의류는 균류와 조류의 공생체이라고 합니다.
자연계에서 버섯의 영양섭취 방법은 주로 셀루라아제와 리그나아제 등의 효소를 분비하여 섬유소인 셀루로오스, 헤미셀루로오스, 목질소인 리그닌 등을 분해하면서 자신의 영역을 넓혀 나가고, 각종 질소원으로부터 영양을 섭취하여 세포의 구성물질을 합성해 나간다고 합니다.
자연생태계에서 식물을 생산자, 동물을 소비자로 볼 때 이러한 균류는 분해자 또는 환원자로서 유기물순환에 매우 중요한 역할을 맡고 있으므로 버섯을 자연의 보고, 숨겨진 보물이라고 표현하기도 한다고 합니다.