구입한 즉시 창자와 아가미 등을 뺀 다음 미지근하게 흐르는 물에 빨리 씻어 내고 엷은 소금물(물 3컵, 소금 1큰술의 농도)로 창자부분을 씻는다. 소금물을 살균효과와 틈새의 피까지 빼주는 효과가 있다.
냉장 보관을 할 경우에는 손질할 때 배부분에 칼집을 넣지만 냉동할때는 조리할 때 칼집을 넣는다. 냉동 보관할 때는 특히 물기를 잘 닦아야 한다. 물기를 닦은 후 랩에 싸서 보관한다.
비린내가 강한 고등어, 잉어 등은 된장에 졸이면 좋다. 된장이 지닌 단백질에 냄새를 흡수하는 비린내를 없애주는 방법이다. 생강으로 비린내를 없애는 방법도 있다. 생선을 간장에 5분 가량 끓이고 다음에 생강을 넣는다. 처음부터 생강을 넣으면 효과가 없으니 유의 한다.