국토교통 행정에 관심을 가져 주셔서 감사드리며, 문의하신 사항에 대하여 아래와 같이 답변 드립니다.
영농손실액의 산정시 구공공용지의취득및손실보상에관한특례법 시행 당시는 농작물의 수종에 따라 보상금이 산정되었으나, 수종별 보상금액 산정에 따른 부작용이 대두되어 개정된 바, 2003년 1월부터 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법령이 시행됨에 따라 동법 제48조의 규정에 따라 아래와 같이 변경되었음을 알려드립니다.
공익사업을위한토지지등의취득및보상에관한법률시행규칙제48조(농업의 손실에 대한 보상)
① 공익사업시행지구에 편입되는 농지(「농지법」 제2조제1호 가목에 해당하는 토지를 말한다. 이하 이 조와 제65조에서 같다)에 대하여는 그 면적에 「통계법」 제3조제3호에 따른 통계작성기관이 매년 조사·발표하는 농가경제조사통계의 도별 농업총수입 중 농작물수입을 도별 표본농가현황 중 경지면적으로 나누어 산정한 도별 연간 농가평균 단위경작면적당 농작물총수입(서울특별시·인천광역시는 경기도, 대전광역시는 충청남도, 광주광역시는 전라남도, 대구광역시는 경상북도, 부산광역시·울산광역시는 경상남도의 통계를 각각 적용한다)의 직전 3년간 평균의 2년분을 곱하여 산정한 금액을 영농손실액으로 보상한다. 라고 규정되어 있습니다.
다만, 위 시행규칙 제2호
②국토교통부장관이 농림축산식품부장관과의 협의를 거쳐 관보에 고시하는 농작물(다년생식물을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)실제소득인정기준에서 정하는 바에 따라 실제소득을 입증하는 자가 경작하는 편입농지에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 그 면적에 단위경작면적당 실제소득의 2년분을 곱하여 산정한 금액을 영농손실액으로 보상한다.라고 규정되어 있는 바, 위 기준에 의거 입증서류(농협,공판장,도매법인을 통한 경매 등을 통한 출하실적)를 제출 시 심사를 거쳐 위 자료를 기준으로 산출한 손실액을 보상토록 규정되어 있습니다.
궁금증이 해소되셨기를 바라며, 더 궁금하신 점이 있으실 경우 국토교통부 부산지방항공청 관리국(☏051-974-2126)으로 문의하여 주시면 친절히 답변 드리겠습니다. 감사합니다.

관련법령 : 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제48조 (농업의 손실에 대한 보상)
작성부서 : 국토교통부 부산지방항공청 관리국, 051-974-2125
추가 문의처 : 국토교통부 민원콜센터 1599-0001