안녕하십니까
   평소 우리 농림축산식품 행정에 관심을 가져 주셔서 감사합니다.
   보조, 융자, 자부담으로 구성되어 있는 사업을 추진하면서 융자자금 분류 개선, 나라장터 이용 등에 대한 개선사항을 제안하신 것으로 이해됩니다.
   귀하의 소중한 의견을 주셔서 감사드립니다.
   농림축산식품부에서는 보조 및 융자사업(이하 ‘재정사업’)의 효율적 집행을 위하여 ｢농림축산식품분야 재정사업관리 기본규정｣(이하 ‘｢기본규정｣’)을 운용하고 있습니다. ｢기본규정｣ 제53조에 따르면 총사업비 2억원 이상의 시설공사 또는 5천만원 이상의 물품 또는 용역을 구매하고자 하는 경우 조달청의 전자조달시스템을 이용하여 공개경쟁입찰을 통해 투명한 계약이 이루어질 수 있도록 하고 있습니다. 
   민간보조사업자가 나라장터를 이용하여 계약을 하고자 하는 방법은 ① 민간보조사업자가 직접 나라장터에서 공개경쟁입찰을 통한 계약체결 ② 사업시행기관(자치단체, 기술센터 등)이 입찰대행하여 계약체결 ③ 사업시행기관에게 위탁하여 계약체결 등이 있습니다.
   상기 ①과 ②에 해당하는 경우에는 계약의 당사자는 민간보조사업자(농민, 농업법인 등)가 되기 때문에 농기자재 구입 등으로 인해 부가가치세 환급 대상이 됩니다. 아울러 계약의 방법(제한경쟁(지역, 자격), 낙찰하한가 설정 등)은 민간보조사업자가 정할 수 있습니다. 그러나 ③에 해당하는 경우에는 사업시행기관은 ｢계약법｣에 따라 진행되어야 하고, 사업시행기관이 계약의 당사자로 적용되기 때문에 구입한 장비에 대한 부가가치세 환급대상이 되지 아니 됩니다.
   마지막으로 보조, 융자, 자부담금으로 구성된 보조사업의 경우 ｢기본규정｣ 제53조에서는 융자금은 자부담금으로 취급하여 운용하고 있습니다. 다만, 행정자치부의 ｢지방자치단체 세출예산 집행기준｣ 또는 ｢지방보조금 관리 기준｣ 등으로 규정한 지방보조금은 국고보조금의 집행기준에 해당하지 아니하오니 참고하여 주시기 바랍니다.

작성부서 : 농림축산식품부 기획조정실 정책기획관 혁신행정담당관, 044-201-1386