일본은 1970년대 전후 고도의 경제성장기를 거치면서 공해가 사회전반에 걸쳐 심각한 문제로 대두되면서 농약과 화학비료의 사용증가에 따른 피해가 발생하면서 식품의 안전성에 대한 우려의 목소리가 높아 졌으며 무농약, 무화학비료, 감농약 재배운동이 일어나기 시작하였다.

1971년 일본 유기농업연구회가 발족하면서 유기농업이란 단어가 처음으로 사용되었으며, 이때부터 유기농업운동이 생소제휴(生消提携) 형태의 직거래로 본격 시작되었다.

일본의 환경보전형 농업이 농정의 중요한 부분을 차지한 것은 1992년 신정책이 마련된 이후라 볼수있다.

신정책에서는 유기농산물 등에 관한 청과물 특별표시 가이드라인의 설정 및 환경보전형 농업의 추진계획 수립 등 본격적인 환경보전형 농업추진 대책이 강구 되었다.

1994년 환경보전형농업 추진본부가 환경보전형 농업추진의 기본원칙을 제정하면서 부터 환경부하경감 대책, 새로운 농법의 추진, 지역 리싸이클 촉진 등의 시책이 국가 및 현, 시정촌 등 각 단계에서 다양하게 추진되고 있다.

1999년 3월에 제정된 신농업기본법인 "식료.농업.농촌기본법"에서는 "농업의 지속적 발전"을 3대 농정이념 중의 하나로 삼고, 이를 위해 농업생산방식의 계획적인 전환, 유기성 자원의 순환이용촉진 등 환경보전형 농업시책을 적극 추진하고 있다.

1993년 4월 유기노안물 등에 관한 청과물 특별표시 가이드라인을 제정하여 시행에 들어 갔으며,

2000년 초 유기농산물 및 유기농산물 가공식품에관한 생산자. 제조업자. 소분업자 등에 대한 인증기준을 제정하여 2000년 10월1일 부터 JAS법에 의한 유기농산물 인증제도를 시행하고 있다.

2003년 2월 현재 65개 유기인증기관이 있고 외국 인증기관이 14개 있다.

인증기관의 등록유효기간은 5년이며 인증기준은 Codex가이드라인과 거의 같다.

2003년 1월 31일 현재 유기농산물 인증자수는 6,432농가로 국내 4,126호 국외 2,306호이다.

일본의 유기농산물 유통방식은 테이케이라고 하여 소비자가 제휴를 맺어 생산 소비하는 방식이 주가 되어왔으며 이 테이케이 방식은 IFOAM국제유기농업운동연맹에서도 일본의 특수한 유통방식으로 인정하고 있다.