건고추의 경우 꽃이 핀 다음 45~50일이 경과하면 붉어지기 시작하고 가능한 한 진홍색으로 완숙 된 과실을 늦어도 1주일 간격으로 수확하게 된다. 수확이늦어지면 그 만큼 고추에 부담이 되므로 가능한 자주 수확하고 수확한 과일은즉시 시장에 출하하든지 건조 후 저장해야 한다. 풋고추의 경우 꽃핀 후 3~4주된 과실을 수확한다. 수확은 가능한 한 오전 일찍 하여 과실이 열을 적게품도록 한다.