안녕하십니까   
과수류 묘목 생산판매에 대해 다음과 같이 답변 드립니다.
품종의 종자(씨앗, 묘목, 영양체, 버섯종균 등)를 생산하거나 수입하여 판매하려는 사람은 품종의 생산·수입 판매신고(이하 생산판매신고)하여 판매할 수 있습니다.  다른 업체가 이미 신고한 같은 품종(이하 기신고품종)을 묘목으로 생산하여 판매하는 경우도 생산판매신고해야 합니다.

생산판매신고는 서면제출 또는 국립종자원 홈페이지(http://www.seed.go.kr)의 전자민원시스템(https://www.seednet.go.kr)에서 인터넷으로 신고하실 수 있으며,
생산판매신고의 필요한 서류는 다음과 같습니다.
1. 품종생산·수입 판매신고서(종자산업법 시행규칙 별지 제22호 서식)
2. 품종특성표 및 특성기술서
3. 육성자 및 육성과정의 설명자료
4. 신고품종의 사진 및 종자시료(과수류 등 묘목, 영양체는 종자시료제출확약서)
5. 종자업등록증 사본 1부(최초의 생산판매신고의 경우)
6. 대리권을 증명하는 서류 1부(대리인을 통한 제출에 한함)
7. 수수료 납부 증명서류
또한, 종자를 생산·가공 또는 다시 포장(包裝)하여 판매하는 행위를 업(業)으로 하는 경우 종자업 등록을 하여야 합니다. 종자업 등록은 주사업장 소재지 시장∙군수∙구청장에 신청서와 다음 자료를 제출하여 신청하며, 시설기준 등을 확인 후 종자업 등록증이 발급됩니다. 자세한 시설기준은 사업장 소재지 기관에 문의해 주시기 바랍니다.
1. 종자업 등록신청서(종자산업법 시행규칙 별지 제18호 서식)
2. 시설기준 및 장비보유 증명서류
3. 종자관리사 보유 증명서류

(과수류에서 사과, 배, 복숭아, 포도, 단감, 자두, 매실, 참다래, 감귤 작물은 종자관리사를 보유해야 합니다.)

따라서, 과수 묘목의 생산판매는 종자업 등록증을 신청·발급받은 뒤 생산판매신고를 하여 발급된 품종 생산·수입판매 신고증명서의 신고번호로 품질표시하여 판매하여야 합니다. 
귀하의 질문에 만족스러운 답변이 되셨기를 바라며, 이와 관련한 기타 문의사항은 국립종자원(054-912-0115)로 연락주시면 친절히 안내해 드리도록 하겠습니다. 
감사합니다. 

관련법령 : 종자산업법 시행규칙제24조(종자업 등록신청서 등), 종자산업법 시행규칙제27조(품종의 생산·수입 판매 신고), 종자산업법 시행령제13조(종자업의 시설기준), 종자산업법 시행령제14조(종자업의 등록 등), 종자산업법 시행령제15조(종자관리사 보유의 예외), 종자산업법제2조(정의), 종자산업법제37조(종자업의 등록), 종자산업법제38조(품종의 생산·수입 판매 신고)
작성부서 : 농림축산식품부 국립종자원 품종보호과, 054-912-0115