안녕하십니까
 종자유통관리 업무에 관심을 가져 주셔 감사드립니다.
귀하께서 문의하신 내용에 대해 답변을 드리겠습니다. 
 귀하의 질의사항에 대해 검토한 의견은 다음과 같습니다. 
 종자산업법 시행령 제13조의 시설기준은 공통기준 항목을 두어 기준을 완화하였으며 단서 규정을 두어 시설을 갖추지 않을 수 있는 예외 역시 규정하고 있습니다. 

종자업의 시설기준(제13조 관련)
1. 공통기준
시설
○ 개별기준의 시설에 대하여 소유권이나 5년 이상의 임차권 등의 사용권을 확보할 것. 다만, 종자를 가공하여 판매만 하거나 종자를 다시 포장(包裝)하여 판매만 하는 경우에는 개별기준의 시설을 갖추지 않을 수 있다.
장비
○ 개별기준의 장비에 대하여 소유권이나 임차권 등의 사용권을 확보할 것. 다만, 묘목 및 영양체만을 생산하는 경우에는 개별기준의 장비를 갖추지 않을 수 있다.

 귀하께서 질의하신 ‘종자를 재포장하여 판매만하는 경우’는 시설의 예외를 규정한 공통기준 단서 조항에 해당합니다. 다만 장비의 경우는 예외에 해당하지 않기 때문에 시행령 제13조의 개별기준에서 규정하는 장비는 갖추셔야 종자업 등록이 가능할 것입니다.  
 종자업 등록을 위한 시설기준은 취급하는 작물에 따라 채소, 과수, 화훼, 버섯, 식량작물, 그 밖의 작물의 6가지로 구분하여 각기 다른 장비 기준을 요구하고 있습니다. 구체적으로 갖추어야 할 장비는 시행령 제13조 별표5의 기준을 참고하시기 바랍니다. 이 별표는 국가법령정보센터, 국립종자원 홈페이지에서 확인할 수 있으며 종자업을 등록하실 시·군·구청에서도 안내받으실 수 있습니다. 
 참고로 종자업 등록의 권한은 시·군·구청장에게 있으므로 종자업 등록 신청시 시설기준 구비와 단서규정 대상 여부는 해당 시·군·구에서 확인·검토 후 등록여부가 결정됨을 알려드리니 양지하시기 바랍니다.  
 충분한 답변이 되었기를 바라며 추가로 문의하실 내용이 있으실 경우 국립종자원 종자산업지원과 유통관리팀(전화 :  054-912-0165~7)으로 연락하여 주시면 성실히 답변드리겠습니다.
감사합니다. 

관련법령 : 종자산업법 시행령제13조(종자업의 시설기준), 종자산업법제37조(종자업의 등록)
작성부서 : 농림축산식품부 국립종자원 종자산업지원과, 054-912-0167