종자(씨앗)는 번식이 목적이기 때문에 왕성한 생명력과 발아력(發芽力)을 지녀야 한다.

그래서 가을걷이를 하면서 농사가 가장 잘 된 곳에서 따로 거두거나, 타작할 때 잘 여문 것을 따로 덜어두었다가 이듬해 씨앗으로 쓴다. 만일 농사가 잘못되면 잘된 집의 것을 구해다 쓴다.
곡식을 개상이나 탯돌에 타작할 때 맨 앞에 떨어지는 것을 모아서 씨앗으로 쓰는데, 잘 여문 것이 무거워 앞쪽에 떨어진다고 여긴다. 이를 잘 말려 자루나 가마니에 담아서 방 한구석에 겨우내 쌓아두었다가 이듬해 종자로 쓴다.

재배 규모가 작은 작물의 씨앗은 뒤웅박이나 씨주머니에 담아 보관하고, 상추와 같이 소량의 씨앗은 닥종이에 싸서 다른 씨앗과 함께 보관해둔다.

그리고 조, 수수, 기장, 옥수수, 고추 같은 작물은 이삭이나 열매를 따서 한 줌씩 묶거나 실에 꿰어 다락이나 대청마루, 곳간 등의 건조하고 서늘한 곳에 걸어 두었다가 이듬해 떨어서 씨앗으로 쓴다.

보관 중에는 가끔 벌레가 없는지, 상하지는 않았는지 살피고, 한두 차례 맑은 날 바람에 잘 말려 다시 보관한다.
한편 고구마는 씨로 쓸 것은 반드시 상강(霜降) 전에 캐서 크기가 적당하고 상처가 없는 것을 골라 며칠 동안 그늘에서 말린 다음, 여물과 섞어 망태에 담아 사람이 사는 방의 벽에 걸어두거나, 흙을 섞어 항아리에 담아서 방 한구석에 두고 보관한다. 그러나 감자는 서늘한 곳에 저장해야 하기 때문에 땅속에 움을 파거나 곳간 같은 곳에 얼지 않게 두었다가 씨앗으로 쓴다.
그러나 지금은 종자를 농가에서 보관하는 경우가 거의 없다.

농가에서 채종하는 경우에는 품종이 퇴화하거나 병의 감염 같은 문제가 발생되기 때문에 농사를 망치기 쉽다.

그래서 국가기관이나 종묘회사에서 채종포를 운영하고 거기서 생산한 종자를 농가에 공급한다.

 종자의 보관도 발아력이 최적으로 유지될 수 있도록 온습도가 자동 조절되는 저온저장시설을 주로 이용한다.