국세상담센타의 답변이 맞는 것으로 보입니다.
양도소득세계산시 농지에 대한 기준시가 과세는 기본적으로 재촌자경을 전제로 하는 것입니다.
따라서 부재지주이거나 직접자경을 하지 않는 다면 실가로 양도소득세를 계산해야 합니다.

다음의 자료를 참조하시기 바랍니다.
참조 법문
소득세법 시행령
제168조의8 (농지의 범위 등)
①법 제104조의3제1항제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(지소)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.
②법 제104조의3제1항제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 그와 연접한 시·군·구 안의 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조제5호의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.
좋은 하루 되세요.