고추 육묘상은 모가 자람에 따라 알맞은 온도로 관리해야 하며, 낮에는 25～28℃, 밤에는 15～18℃정도가 유지되도록 하여 고온이나 저온으로 인한 장해를 받지 않도록 관리해야 한다. 

모가 웃자라지 않도록 알맞은 온․습도로 관리하고, 모 간격을 충분히 유지시키면서, 햇빛을 잘 받도록 하여 튼튼한 모가 생산되도록 하며,  입고병 방지를 위해서는 야간의 저온을 방지하고, 육묘상이 과습 되지 않도록 하는 것이 좋다. 

  육묘하우스 내 하우스 출입구와 측면쪽은 온도가 낮아 비닐하우스 안쪽에 있는 고추모보다 생육이 저조하므로 생육상태를 보아가며 자리 옮김을 해주도록 하여 고른 육묘를 하도록 한다. 

육묘 중 저온피해를 받았을 경우 응급처치로 요소 0.3%(물 20ℓ당 요소 60g)액을 엽면시비하여 생육을 회복시켜 준다.