국토교통부에 관심과 애정을 가져주신 점 깊이 감사드리며, 고객님께서 질의하신 사항에 대하여 아래와 같이 답변드립니다.
1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제48조 제4항의 규정에 의하면 자경농지가 아닌 농지에 대한 영농손실액의 경우 농지의 소유자가 해당 지역에 거주하는 농민인 경우에는 농지의 소유자와 실제 경작자간에 협의가 성립된 경우 협의내용에 따라 보상하고 농지의 소유자와 실제 경작자 간에 협의가 성립되지 아니하는 경우 제1항에 따라 영농손실액이 결정된 경우 각각 50퍼센트에 해당하는 금액을 제2항에 따라 영농손실액이 결정된 경우에는 농지의 소유자에게는 제1항의 기준에 따라 결정된 영농손실액의 50퍼센트에 해당하는 금액을 보상하고, 실제 경작자에게는 제2항에 따라 결정된 영농손실액 중 농지의 소유자에게 지급한 금액을 제외한 나머지에 해당하는 금액을 보상하도록 하고 있는 바, 개별적인 사례에 대하여는 사실관계를 조사하여 판단·결정할 사항이라고 봅니다.
2. 양도소득세의 납부에 관한 사항은 조세업무를 담당하는 국세청 또는 재정경제부에 문의할 사항이라고 봅니다.
답변내용 중 궁금한 사항에 대하여는 대전지방국토관리청 보상과로 연락주시면 성심성의껏 상담하여 드리겠습니다. 그리고 답변내용이 만족스럽지 못하더라도 법령해석상 부득이한 부분이 있는 점 널리 이해하여 주시기 바라며, 귀하의 무궁한 발전을 기원 합니다.

관련법령 : 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제48조 (반환 및 원상회복의 의무)
작성부서 : 국토교통부 대전지방국토관리청 관리국 보상과, 042-670-3283
추가 문의처 : 국토교통부 민원콜센터 1599-0001